La arquitectura del retablo responde a los modelos del barroco castellano, con una estructura profusamente decorada y dorada que organiza el conjunto en torno a un gran espacio central destinado a la pintura principal.
Las pinturas que lo integran se atribuyen al pintor genovés Bartolomé Matarana, quien formó parte del grupo de artistas procedentes de Génova que trabajaron en Castilla durante el siglo XVII. Estos pintores introdujeron modelos y soluciones pictóricas de tradición italiana que ejercieron una notable influencia en la pintura religiosa de la época.
El programa iconográfico se organiza en dos niveles simbólicos bien diferenciados. El registro inferior representa el ámbito terrenal y recoge diversos episodios de la vida de San Gil. Entre ellos destaca la escena del encuentro con el rey de Francia, quien, durante una jornada de caza, hiere accidentalmente al santo con una flecha mientras éste vivía retirado en el bosque. En este mismo ámbito se representa también la muerte del santo, momento que pone fin a su vida eremítica y ejemplar.
El registro superior se concibe como una representación del ámbito celestial. En él aparece San Gil glorificado en el cielo, rodeado por la corte celestial y presentado como intercesor ante Dios. Sobre la figura del santo se sitúa un ángel que porta una filacteria con una inscripción alusiva al perdón de los pecados, aludiendo al papel de San Gil como protector y mediador espiritual.
En el centro del conjunto se dispone una gran pintura al óleo sobre lienzo que articula el programa iconográfico. Delante de esta pintura, sobre una ménsula, se sitúa una escultura de San Gil. La imagen actualmente conservada no es la original del retablo, sino una donación realizada en el año 1939 que sustituyó a la escultura primitiva.
El conjunto se remata en su parte superior con dos pinturas de formato triangular que representan a San José con el Niño y a San Juan Evangelista, completando el programa iconográfico y reforzando su significado devocional dentro del espacio litúrgico del presbiterio.