En cuanto a la parte superior del fuste, donde se encuentra el tercer elemento de las columnas, es decir el capitel, tenemos en este caso una singular forma en su elaboración, ya que el mismo está formado por otro anillo o imposta que contornea toda la columna, ornamentada con representación en relieve de motivos vegetales, zoomorfos, de figuras humanas, y además la heráldica del marqués de Villena en cada una de ellas.
También cuentan estas columnas con otras molduras verticales, formadas por unas dobles semicolumnillas o pilastrillas que parten desde el zócalo de la basa hasta la imposta decorada que hace de capitel, lugar donde apoyan los arcos fajones y formeros de las naves, por lo que hay un total de cuatro semicolumnillas dobles en cada una de las columnas, orientadas a cada uno de los puntos cardinales.
Por lo que se refiere a las bóvedas, hay que reseñar que los escudos de los Pacheco antes indicados en las impostas decoradas, se encuentran en el punto de apoyo de los nervios de los arcos de dichas bóvedas a cada una de las columnas.