Tras la toma de Cuenca a los musulmanes en el año 1.177 por las tropas cristianas de Alfonso VIII, se inició la construcción de la Catedral a finales del s. XII.
Su estructura original gótica estaba formada por una iglesia de tres naves desde los pies de la misma hasta el crucero, y a partir de ahí hasta la cabecera cinco eran las naves que quedaban rematadas con cinco ábsides.