Tras la anterior capilla citada del bautismo accedemos al transepto o crucero, y a la derecha, al fondo del brazo de este crucero, se encuentra la denominada Capilla del Obispo dedicada a San Julián, y perpendicularmente junto a ella, adosada al muro del brazo del crucero se encuentra el Retablo-Altar de Santa Ana.
El Trascoro es el muro que cierra por detrás el perímetro del Coro, que en este caso su altura priva de la perspectiva que nos ofrecería la Nave Central hasta el Altar Mayor.
Teniendo en cuenta que la sillería nueva del Coro de la Catedral no se realizó hasta mediados del s. XVIII, a continuación de la ejecución de la misma se elaboró en el año 1755 esta obra Neoclásica del Trascoro por el Maestro Mayor de obras de la catedral Fray Vicente Sevilla.
En sus comienzos el Coro se situaba en el Presbiterio, como era norma usual en las Catedrales góticas, hasta que hacia el año 1576 fue trasladado al centro de la nave principal o de los Reyes, es decir, pasó del lado del transepto junto a la Capilla Mayor que vemos en la parte más próxima a la imagen, al otro lado del transepto tras la gran reja.
Es decir, el Coro está situado en la nave central de la Catedral, frente al presbiterio y separado de éste por la nave del transepto.
Su estructura primitiva del siglo XIII fue transformada en la segunda mitad del siglo XV, cuando se hizo la doble girola.
Otra nueva alteración se produjo a finales del siglo XVI cuando fue trasladado el coro primitivo desde el Presbiterio para su ubicación en el centro de la catedral, delante del crucero.
Y además en el siglo XVIII se llevó a cabo la actual obra del nuevo retablo del Altar Mayor.
Tras la anteriormente citada Capilla de S. Julián, en el semicírculo de la parte trasera de la Capilla Mayor, se encuentra junto a ella esta otra Capilla del Arcipreste Barba, fundada por Antonio Barba, Arcipreste y Canónigo de la Catedral en el año 1567.
Probablemente fuera Andrés de Vandelvira el autor de la traza de esta Capilla, a la sazón maestro de obras de la Catedral, terminándose la misma en el año 1568.
La Capilla de Pozo o de San Roque se encuentra ya en la parte posterior del ábside de de la Capilla Mayor, entre la anterior Capilla citada del Arcipreste Barba y la Capilla del Transparente.
La Reja de esta Capilla es la única completamente gótica de la Catedral, realizada hacia el año 1511, que responde al estilo de Juan Francés.
En su interior se guarda un Retablo plateresco de comienzos del s. XVI atribuido a Gonzalo de Castro.