A la derecha de la actual entrada a la Catedral por la nave lateral sur de San Cristóbal, se encuentra la primera de las capillas de la Catedral, la Capilla del Pilar.
Realizada entre los años 1769 y 1771 por José Martín de Aldehuela, y pensada como si de un pequeño templo se tratase.
Entre la anterior capilla de los Apóstoles y el brazo derecho del crucero se sitúa esta Capilla Bautismal, a la que también se la conoce como Capilla de San Antolín o de los Cabrera, e incluso se la denominaba como Capilla de San Juan y San Antolín ó de los Marqueses de Moya, ya que sus primeros patronos fundadores fueron los Marqueses de Moya, en el año 1507, si bien arquitectónicamente es la más antigua de la Catedral, pudiendo haberse construido en el s. XIV tal y como nos indica su bóveda.
Tras la anterior capilla citada del bautismo accedemos al transepto o crucero, y a la derecha, al fondo del brazo de este crucero, se encuentra la denominada Capilla del Obispo dedicada a San Julián, y perpendicularmente junto a ella, adosada al muro del brazo del crucero se encuentra el Retablo-Altar de Santa Ana.
En sus comienzos el Coro se situaba en el Presbiterio, como era norma usual en las Catedrales góticas, hasta que hacia el año 1576 fue trasladado al centro de la nave principal o de los Reyes, es decir, pasó del lado del transepto junto a la Capilla Mayor que vemos en la parte más próxima a la imagen, al otro lado del transepto tras la gran reja.
Es decir, el Coro está situado en la nave central de la Catedral, frente al presbiterio y separado de éste por la nave del transepto.